非编码RNA研究又升级啦

现场直击第五届非编码RNA学术研讨会

这是个纯学术的会，而且未完待续......

       10月27-28日的上海，风和日丽，秋景宜人。紧邻上海中科院的好望角大饭店正在举办一场学术前沿研讨会。虽然大阅哥好多朋友都去了ICG-12或是西安的中国药物基因组学大会，但这场由生物谷举办的第五届非编码RNA研讨会也是风起云涌高手云集哦。现在就由大阅哥汇报一下会议的简要内容！

随着高通量测序与众多技术的成熟发展，早期研究中被认为是“垃圾物质”的非编码RNA正在华丽转身，成为了近来研究的大热点。大量研究表明了非编码RNA在各类生物的各种层级上都扮演了重要的调控角色，其重要性无论是在科研领域或实际应用中都不容忽视。此次小而精的会议汇集了众多来自中国科学院、中国科学技术大学、四川大学、复旦大学等各地重点研究所的知名重量级嘉宾到会，报告的内容围绕非编码RNA调控机理、技术方法以及与疾病的关系，现场学员积极参与，每一场都与主讲嘉宾有热烈（ji dong)的讨论。会后还建立了本会议微信群供与会老师们与专家进行问题讨论及观点分享。大阅哥身在其中都觉得很幸福呢！

大阅哥带你看经典

       大阅哥可谓大开眼界，同时见到共计16位在非编码RNA研究领域的绝对大牌在会议上的精彩报告。专家们的研究发表横跨Science、Cell Stem Cell、Nature Communications、Cell、Nature Cell Biology、Genome Biology、Molecular Cell和PNAS等高影响力期刊。包括中科院北京生命科学院的赵方庆教授，中国科学技术大学吴缅教授，吉林大学第一医院肿瘤中心的胡继繁教授和中科院生物物理研究所的薛愿超教授等，都带来了未发表的最新工作分享。下面大阅哥特别挑选部分和环状RNA相关的会议内容给大家做个总结。

赵方庆教授： 环状非编码RNA的序列重建和表达定量

       在非编码领域，MicroRNA和lncRNA已领了数年风骚。近年来的新星--环状RNA更是锦上添花，引爆研究热度。在环状RNA研究中，对其进行高通量测序可谓是必要的一步了。但是由于环状RNA的结构不同于线性RNA，存在着剪切方式多变、结构多变、环形长度多变等特点，对后期的生物信息学分析和序列重建造成了困难。

赵老师在2015和2016年就于《Genome Biology》和《Nature Communications》杂志上报道了CIRI和CIRI-AS分析工具，在与当时市面上的10+个环状RNA分析软件对比后，这两款分析工具均表现出了对于环状RNA鉴别的最高灵敏度和可靠性。除此之外CIRI和CIRI-AS还具备操作简单、运行时间短、不依赖基因组注释信息、具有简单的pipeline和低RAM使用率等优点。可谓是在当时环状RNA数据分析界刮起了一阵风潮。但是如此高的检测鉴定灵敏度却可能会导致稍高的鉴定错误率（false discovery rate）。

今年3月，赵老师在生物信息知名杂志《Briefings in Bioinformatics》又发表了一篇文章，主要是基于先前的CIRI创造了CIRI2，提出了全新的多重种子匹配算法（multiple seed matching）及最大似然估计模型（efficient maximum likelihood estimation），可以精确识别环状RNA接头序列，排除线性基因的顺式剪切接头（forward spliced junction）的干扰，以显著提升环状RNA的识别效率。另外，采用 RNase R降解前后真实转录数据的比对体系，对10种已有算法进行全面的评测比较。结果显示该方法在包含灵敏度与可靠性在内的综合表现上具有非常明显的优势，其并行模式还可进一步提升运算速度及内存使用效率。

       在本次会议中，赵教授讲解了自己团队最新的一些研究成果，包括团队首次提出了用于环状RNA识别的新特征 Reverse Overlap(RO),该特点对于低丰度环状RNA具有很高的识别率。其次，结合back-spliced junction（BSJ）和RO的特征，建立了环状RNA全场转录本重建的新方法，可以实现80%左右的环状RNA全场构建。团队并首次揭示了OO型环状RNA的组成及特点，为深入挖掘功能环状RNA分子奠定了基础。赵老师在环状RNA的生物信息分析领域不愧是大牛啊！大阅哥有听到赵老师说这些工具全部已经online哦！相信这些振奋人心的成果一定可以为更多的环状RNA研究者提供厉害的分析工具。

赵方庆教授不只是大阅哥长期以来的偶像，也是阅微基因最帅气的顾问。大家都已经了解赵老师的科研实力啦，这让我们在非编码RNA尤其是环状RNA的测序和后期数据分析上可以提供更有竞争力和更优质的结果。

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 胡继繁教授： 环状RNA调控基因去甲基化及其正向回馈

其他教授的重点成果

        除了上述两位教授的精彩报告之外，还有吴缅教授的“一石二鸟: 长非编码RNA参与DNA损伤修复的新机制”报告、孙树汉教授的“非编码RNA作为疾病诊断标志物的探索”报告和薛愿超教授的“RNA结合蛋白与基因表达调控”报告等。我们可以从这个会议中得知，非编码RNA的相关研究正在日益成熟，无论是在转录前后，翻译前后，非编码RNA的调控机制可谓是无处不在！

阅微基因：加速您的研究，非编码我们也在行

阅微基因作为大会的赞助商之一，大阅哥当然也参加了本次会议。在会议的间隙，参会老师们根据会议的内容前来询问相关服务和研究思路，现场十分火爆。其中还有吉林大学的老师问到梅花鹿的lncRNA测序服务。梅花鹿基因组目前尚未发表，因此在lncRNA测序后的分析上属于无参考基因组的分析。对于在没有参考基因组的情况下进行的lncRNAs预测，其实和预测无参的mRNA一样，只不过要在后续的分析过程排除其编码潜力（Coding Potential）。在这种情况下有几种主要的预测方法：第一个策略是通过近缘已知物种的基因组序列作为参考基因组，比如猴子的用人基因组进行预测，梅花鹿可以使用牛的基因组；第二个策略是使用已有的cDNA序列作为参考基因组，这种方法在植物的研究中比较常见；最后，如果所测参考物种没有相近或者相似的基因组，就需要运用软件基于片段重复区进行de novo直接拼接，比如trinity，SOAP等软件，同时也要对于coding potential进行筛查。对于无参的lncRNAs测序分析，理论上是完全可行的，但是相对于有参物种，其预测结果可靠性不可避免的会有所下降。

另外一位客户询问了石蜡组织样品提取核酸及SNP分型的问题。大阅哥想说，的确很多公司在石蜡样品的提取上对于样品的保存时间有一定的要求。但其实石蜡组织样品中核酸的稳定和质量与组织包埋进石蜡后的保存时间关系并不是很大，更影响其质量和稳定的是从获取新鲜组织到包埋的整个操作过程。如果新鲜组织被取出后没有及时包埋或者包埋技术不当，导致了其中的核酸降解，那么即使刚包埋的组织在提取核酸时完整性也不理想，反之，如果及时包埋和包埋技术恰当的话，即使保存很久的石蜡样品依然能得到较高质量的核酸。阅微就曾经提取过质量很好的10年+石蜡样品！所以，各位科研大牛们，如果您们的工作涉及到石蜡组织保存，一定要注意这个问题哦。

        具有强大的一代、二代测序和荧光定量平台的阅微基因可以给您提供在非编码RNA研究上的完整解决方案。我们提供的暖心服务包括转录组测序、非编码RNA（miRNA、lncRNA、circRNA）测序，测序后的全转录组（mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA）的荧光定量分析、SNP检测、甲基化检测、STR鉴定及细胞鉴定等。别忘了，无参基因组物种也可以进行以上研究哦！