热门搜索
DNA建库 SMA 非整倍体检测 细胞STR鉴定 男性家族排查 脆性X 叶酸代谢能力 SNP Y-STR试剂 TMB 心血管用药 STR/SSR 亲缘鉴定 PD-L1 DNA甲基化 16S/18S/ITS 采保试剂 微卫星不稳定 荧光定量PCR 宏基因组测序 核酸提取 乳腺癌21基因 单细胞测序 微生物代谢组

科研领域

阅微基因 加速您的研究

SNP/单核苷酸多态性分析

SNP/单核苷酸多态性分析

SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

服务项目

1.TaqMan探针法
针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析(见图1)。


图1 某SNP位点分析结果  A.纯合(G/G)  B.杂合(G/T)



2.SNaPshot法

该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析(见图2)。


图2 基因编码区9 个SNP 位点的SNaPshot 实验结果图谱


3.HRM法
高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作(图3)。

图3 某基因的SNP(G>A)进行HRM分析的结果。A图为熔解曲线,B图为差异图


4.Mass Array法
MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具,通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合,实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测,实验设计灵活,分型结果准确性高。根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时,MassARRAY具有最佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

5.Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时可显著降低成本。

6.KASP基因分型技术
KASP是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的缩写,可在广泛的基因组DNA样品中(甚至是一些复杂基因组的DNA样品),对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels (Insertions and Deletions,插入和缺失)。

送样要求

细胞(≥106 )、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥50ng/μl)。

提供结果

检测SNP的原始数据、数据分析结果及书面报告。

检测项目

根据实验目的和通量的不同,阅微基因通过以下五种方式来提供SNP检测服务:


技术优势

经验丰富:国内最早应用SNaPshot方法的公司,10年经验,技术成熟,做过1000个以上案例


服务全面:可以提供多种检测方法,可根据客户的样本量及位点数协助客户选择合适的实验方案


结果准确:单个项目的检测结果都能保证不低于95%的检出率,如有特殊需求,可达到100%检出率


技术先进:

优化扩增体系,确保一次反应可以扩增出尽可能多的位点

针对特殊结构位点,采用高效的DNA聚合酶,确保每个位点都有实验结果,确保客户数据的完整性

可以针对口腔拭子、唾液等样本提取DNA

可以提供基因分型等数据分析服务,包括HW平衡分析、聚类分析、品种鉴定、遗传图谱、关联分析、单体型分析等

成功案例

某医院客户有1000 以上样本,且只分析两个SNP位点,选用了Taqman-SNP 方法进行分型检测,散点图结果。

Taqman-SNP 分型结果示例

4000192196    产品咨询info@microread.com  CN | 友情链接 | 联系我们

Copyright 2016 阅微基因技术有限公司 京ICP备09053524号-1 苏ICP备13060495号-1