【剧本三国】SNP分型之演员的诞生-上篇
用你的才华,去诠释基因的分型,说一个完整的故事。
演员就位,表演开始
你会把票投给谁呢?
【卡司阵容】
单挑之王 吕布
TaqMan
吕布很有人性(贪色、反复),武力值很高。配上赤兔马,在许多文学和游戏作品中武力值排名第一,为单挑之王。正所谓“人中有吕布,马中有赤兔”。然而,吕布的有勇无谋,使得他并没有在哪一场大战中成名。一生中最殊荣的那刻,停留在辕门射戟。可谓一人大将军。这个角色交给TaqMan来演出最是适合不过。因为TaqMan最擅于各个击破,对单一SNP得到准确的分型结果。到目前为止,如果要检测的SNP位点数很少,TaqMan技术还是独领风骚,持续霸占着这单挑之王的宝座。
精准神妙 华佗
HRM
在名将迭出谋士争名的三国,有一个人另辟蹊径,用他高超的医术在这段精彩的历史上得到一席之地。他,就是华佗。在SNP分型的世界里,HRM(高分辨率熔解曲线分析)方法也走出了一条自己的道路——不受突变碱基位点与类型的局限加上,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。分析者需要对熔解曲线“观其征,解其因”。最是符合华佗精神。此外,HRM实验的成功,除了周密的实验设计外,由于点突变引起的解链温度差异很小,一款绝佳温度均一性(小于0.2度)的仪器也是保障实验成功的关键。精密良好的辅助器械会给华佗外科手术带来更高的成功率。最后,华佗的医书被悉数焚尽,而HRM技术虽然精妙,但也没有在21世纪基因检测的大舞台上有过多发挥。想必是受到了设备的限制。
名门虎将 马超
SNaPshot
“孟起兼资文武,雄烈过人,一世之杰。”1
将门之后,马超身为汉伏波将军马援的后人,马腾的儿子,有勇有谋,少年成名。建安十六年在与曹操的对抗中有许多精彩的对手戏,还差点杀了曹操。于建安十九年加入刘备阵营,对时在争取汉中的刘备贡献了不小的力量。终至建立蜀汉,成为五虎上将之一。马超的战斗风格狂野热血,擅长野战和遭遇战。
SNaPshot与马超一样,出自名门(美国应用生物公司ABI),骁勇(分型准确)善战(通量高)精骑(检测速度快)。应用上非常灵活(不受SNP位点多态性特性和样本个数的限制)。一个反应可同时测10-30个位点(一般应用于10-20个位点)。因此在基因检测的应用上起了很大的作用。引物设计难度低、反应条件易优化、位点成功率高,再加上对样本数量要求弹性很高几个特点,几乎满足单项基因检测的所有需求。因此成为了最便捷的基因检测分型工具。
大器晚成 司马懿
ARMS-PCR
司马懿奇策善谋,少有名声。但是一直到29岁才被曹操强制征为文学掾。到40岁辅佐曹丕,始展长才。破坏孙刘联盟天下分三国、亲率兵抵抗了诸葛亮北伐、平定辽东。政治上对屯田、水利、农耕都作出了巨大贡献。是曹操死后魏国能站稳脚跟最大的功臣。至其73岁去世时权倾一时,直接导致三国时代的结束和晋朝的开始。
由于步骤非常简单,只需扩增和检测两步。在处理中小通量基因(<40个位点)检测项目时,ARMS-PCR的经济快速省成本给商业应用带来巨大的优势。但由于其引物体系设计较为复杂,条件优化耗时,所以往往需要一定的体系开发时间。一旦体系开发完成,对于长期并具有稳定需求的中低通量检测项目,Arms-PCR可谓"打遍天下无敌手,天下一统就靠我"。是不是很像司马懿能隐忍善谋略,能带兵打仗还能经济治国的模样呢?
看到这里,是不是对您的基因检测项目应该选用哪些分型技术有一点概念了呢?下篇还有MassArray、芯片、二代测序等角色分析。不妨留言猜一猜他们各会扮演哪一位三国名将吧!
另外应用 ARMS-PCR 技术也开发了多项临床检测产品及服务,包含叶酸代谢基因MTHFR/MTRR检测;17项耳聋基因检测试剂盒;氯吡格雷/华法林用药指导检测;ACE基因用药检测及儿童安全用药检测等。并为客户定制长期大量送样检测的大健康项目。
参考文献
1.《三国志》
2.《华佗传》
3.《曹瞒传》
4.《晋书·列传一》