农业分子标记发展历程及主流标记类型

1、农业DNA分子标记发展历程

2、各类主要分子标记介绍

01 / SSR

简单序列重复（Simple Sequence Repeat, SSR）是一种在基因组中广泛存在的DNA序列，主要指由1~6个核苷酸重复序列（核心单元）组成的数十到数百碱基长串。这些序列的重复次数在不同个体间存在差异，因此可以作为遗传标记。

SSR分子标记在植物研究中有着广泛的应用。这些标记可以用于植物DNA指纹图谱的构建、遗传多样性分析、种子纯度及真伪鉴定、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等方面。

02 / SNP

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）用于指示基因组中单个核苷酸的变异。SNP标记的特点是双等位基因（biallelic）且在许多代中保持稳定。此外，SNP标记适用于自动化、高通量，因此在分子植物育种应用中非常受欢迎和方便。

SNP标记在动植物遗传研究中都发挥着重要作用。它们可用于研究性状相关基因、任何类型的变异（多态性）、个体识别以及物种或生物体的识别。

03 / InDel

插入缺失（Insertion-Deletion, InDel）是不同品种（系）在基因组中有小片段的核苷酸序列的插入或缺失，一般大部分指100bp以内的插入缺失变异。InDel标记在基因组研究中具有多种应用。例如，它们可以用于基因组范围的InDel标记的开发和验证，以提高遗传多样性和进行遗传图谱构建。这些标记还可以用于品种鉴定、基因型分析、遗传连锁图谱构建、分子标记辅助选择育种以及物种亲缘关系鉴别等。

04 / SV

结构变异（SV）是指基因组中的大片段插入、缺失、倒置和易位等变异。这些变异对基因组结构和功能有重要影响，因此在遗传研究中具有重要意义。

结构变异（Structure Variantions，简称SV）是造成物种表型差异的一个重要原因，且与各类疾病，特别是癌症的发生、发展紧密相关，因此研究结构变异非常重要。基因组结构变异通常是指长度大于1Kb的基因组序列变异，包括多种不同的类型：插入（insertion）、缺失（deletion）、反转（inversion）、异位（translocation）、拷贝数变异（copy number variation，CNV或者duplication）

05 / CNV

拷贝数目变异（copy number variant，CNV）也称拷贝数目多态（copy number polymorphism，CNP），是一种大小大多介于1Kb至3Mb的DNA片段的变异，在基因组中广泛分布，其覆盖的核苷酸总数大大超过单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）的总数，极大地丰富了基因组遗传变异的多样性。CNV对于物种特异的基因组构成、物种的演化和系统发育以及基因组某些特定区域基因的表达和调控可能具有非常重要的生物学意义。

3、标记比较分析

也许细心的您已经注意到，SSR分子标记是目前唯一还在成熟运用的二代分子标记，尤其是在亲子鉴定、纯度鉴定、品种鉴定、遗传多样性分析等领域应用广泛，在2021年的主要农作物品种真实性和纯度检测国标在水稻（GB/T39917-2021）和玉米（GB/T39914-2021）上依旧在用SSR标记。SSR具有多态性高、丰富的等位基因、结果直观；检测技术相对成熟，操作简便等优势，让其仍在各领域中应用得以广泛应用。

阅微基因有上百种植物的SSR标记开发经验，涵盖作物（玉米、水稻、小麦）、林木（柳树、榕树）、花卉（兰花、牡丹）、多倍体及无参基因组物种（如复杂观赏植物），可快速适配不同物种的SSR检测需求。受托开发水稻种质资源库SSR检测体系，支持种质资源鉴定与遗传多样性分析，凸显技术落地的实战能力。

阅微基因的STR检测试剂盒通过国际动物遗传学会室间质评（如牛STR检测满分通过），技术可靠性获国际认可。自主研发的2碱基Ladder（标准片段标记物）制备工艺，可显著降低不同实验室、不同检测批次间的结果偏差，确保STR/SSR分型数据的一致性和可比性。

阅微基因凭借独特工艺、全流程整合、多物种经验及权威认证，在SSR检测领域形成“高精度+高兼容性+全链条服务”的差异化优势，适用于农业育种、种质资源保护、司法鉴定等多场景需求。