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STR/SSR/微卫星分析(含引物开发)

STR/SSR/微卫星分析(含引物开发)

微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。

服务项目

1.SSR引物开发

通过富集微卫星序列,开发出10 条具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证。
阅微基因不断创新,在磁珠富集法技术之外,还提供基于NGS 平台的引物开发服务,数据量更大,成功率更高。


2.引物筛选
选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息(图1)。


图1 用ABI 测序仪进行引物筛选的结果


3.样本批量扩增
用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。


4.测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件,见图2)。


图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱


5.原始数据分析
编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3。


图3 GeneMapper软件分析后的电泳图谱


6.群体遗传学分析
利用生物信息学软件(POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

送样要求

细胞(≥106)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥ 50ng/μl);引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

提供结果

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

成功案例

到目前为止,我公司与上百家科研机构建立合作,进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作,包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。

图4 聚类分析结果示例


某客户要求对选定的SSR位点进行分型,并利用分型数据进行聚类分析,结果显示具有共同特征的样本可以很好的聚在一起。

检测项目