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STR/SSR/微卫星分析

STR/SSR/微卫星分析

微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列变异,因而造成多个位点的多态性。STR/SSR 标记能很好地将这些变异揭示出来,不同的STR/SSR 在不同品种甚至个体间可具有多态性。

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STR 引物开发

对于还没有完成全基因组测序,基因组信息缺失的物种,进行STR/SSR 研究时需要进行引物开发。所选取的STR 位点要求是多态性高、长度适中的基因区域。随着二代测序成本的不断降低和适用性的提升,已经替代传统的磁珠富集方法成为STR 引物开发的关键方法,基于二代测序基因序列的数据,可以筛选到合适的STR 区域,并设计引物。




引物筛选

对于已经具有大量STR 引物,或STR 位点信息的客户来说,不必要做引物开发,可以进行引物筛选与优化。引物筛选即多态性引物筛选,是从大量STR 引物中筛选出多态性好、长度适中、扩增表现好的引物的过程。进行大量引物筛选是一项繁重的工作,我公司自主研发出M13 加尾通用型引物,适用于任何物种,可大幅降低客户的成本。根据客户需求,我们会筛选出指定数量的合格引物。



单重与多重样本扩增

在进行引物开发、引物筛选与优化之后,已经取得一组多态性好、效果好的STR 引物,可对单一STR 基因座进行扩增检验。然而,一般STR/SSR 研究在这一步涉及大量样本检测或产品化,因此需要根据需求进行能对多个基因座同时检测的多重STR 扩增体系的设计和条件摸索。阅微基因具有多款基于STR 检测的法医案件/ 建库试剂盒及临床肿瘤/ 生殖筛查相关试剂盒,拥有丰度的多重扩增体系建立经验。



数据深度解析与个性化定制分析

除了可以用GeneMapper 软件分析测序仪下机文件,编制panel 和bin 等文件,生成定制的可视化结果之外,还可以利用各类生物信息学软件(POPGENE, MEGA, Joinmap, Structure 等)对上述数据进一步分析,例如绘制遗传连锁图谱、关联分析和遗传多样性分析等。

完成物种

       高粱、玉米、燕麦、小麦、棉花、苹果、葡萄、甘蔗、梨、桃、梅、杏、猕猴桃、草莓、枣、樱桃、茶叶、枸杞、豇豆、扁豆、棘豆、牡丹、茶花、蝴蝶兰、芍药、菊花、石榴、榕树、紫鹃、重楼、柳树、松茸、飞机草、长角扁谷盗、鲈鲤、食蟹猴、大熊猫等。

知名合作单位

● 引物开发与筛选: 北京林业大学、复旦大学、福建农林大学、湖南农业大学、国家粮食科学研究院、河北农业大学、四川农业大学、香港嘉里道农场、云南大学农学院、中国检验检疫科学研究院、中检院植物检疫研究所、中科院动物所、昆明所、中央民族大学、中国农业大学、中国农业科学院质标所、中国林业科学院、中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;


● 微卫星检测:北大人民医院、北大医学部遗传系、北京林业大学、北京首都儿科研究所、北医三院、北京协和医院、北京博友新创生物技术、贝瑞和康、北京爱根生物、成都大熊猫繁育基地、东北林业大学、复旦大学、军科院五所、江西九江学院生命科学学院、华中农业大学、解放军306 医院、河北农业大学、鲁东大学、上海市儿科医学研究所、上海交大医学院附属新华医院、四川大学生命科学院、深圳仙湖植物园、天一辉远生物科技有限公司、无锡汇泽基因、西双版纳植物园、西南民族大学、中科院昆明植物所、中科院蜜蜂所、中科院动物所、中科院微生物所、中国农科院蔬菜花卉所、中日楼、环发所、中央民族大学、中国农业大学、中科院成都生物所、中国疾病预防控制中心;


● 微卫星扩增体系构建:北大人民医院、北大肿瘤医院、北京工业大学、第三军医大学、福建甘蔗研究所、解放军总医院第一附属医院、解放军306 医院、南京脑科医院、青海大学、全国畜牧总站、西双版纳热带植物研究所、湘雅医院、中国农业大学、中国医学科学院实验动物研究所、中国科学院遗传所、水生生物研究所、中国农科院棉花研究所、中国林业科学院、中国水产科学研究院、浙江海洋学院、湛江海兴农海洋生物;


● AFLP:北京交通大学、河北农业大学、中科院昆明植物所、中国农科院;


● 细胞鉴定:昂赛细胞基因工程、安集协康生物技术、北大人民医院、北京大学医学部、百济神州生物科技、博雅辑因生物科技、博雅未名联合干细胞、重庆医科大学、第三军医大学西南医院、亘喜生物科技、恒瑞医药、汉氏联合生物技术、哈尔滨医科大学、康龙化成新药技术、科兴疫苗技术、南开大学、瑞鹿生物技术、上海交大瑞金医院、苏州大学、山东大学齐鲁医院、斯丹赛生物技术、天津医科大学、武汉大学中国典型培养物保藏中心、义翘神州生物技术、中国科学院上海细胞库、中国食品药品检定研究院、中国协和医科大学、中科院微生物所、中科院上海药物研究所、中国农业大学、中山大学附属肿瘤医院、中南大学、中国人民解放军空军军医大学。

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