AFLP是基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列，作为引物结合位点。限制性片段用二种酶切割产生，一种是罕见切割酶，一种是常用切割酶。它结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。由于AFLP扩增可使某一品种出现特定的DNA谱带，而在另一品种中可能无此谱带产生，因此，这种通过引物诱导及DNA扩增后得到的DNA多态性可做为一种分子标记。
操作流程
AFLP反应程序主要包括模板DNA制备，酶切片段扩增及凝胶电泳分析这3个基本步骤。各步骤具体的过程有：
1.首先要制备高分子量(HMW)基因组DNA，选择6个碱基识别位点的限制性内切酶(通常是EcoRI或PstI或SacI)。
2.酶切后的限制性片段在T4连接酶的作用下与特定的接头相连接，形成带有接头的特异性片段。
3.DNA片段的预扩增。
4.在Taq聚合酶的作用下，完成AFLP的选择性扩增。
5.带荧光标记的PCR产物进行测序仪上机检测。
6.多态性比较分析。
AFLP结果示例
送样要求
细胞（≥106）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（体积≥20μl，浓度≥ 50 ng/μl）。
提供结果
原始数据、引物序列、实验报告、PDF格式毛细管电泳图谱和EXCEL格式片段长度
成功案例
某单位客户进行了微卫星的检测后发现标记不足，加做了AFLP标记，利用分型图谱最终构建了比较成功的遗传连锁图谱。
检测项目
