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16S rRNA/ITS基因测序

16S rRNA/ITS基因测序

技术简介
指对环境细菌的16S rRNA和真菌的ITS基因序列进行高通量测序。细菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因结构既具有保守性,又具有高变性。通过测序结果与数据库比较,可以分析环境细菌/真菌的菌群结构和多样性。
环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rRNA/ITS高变区的PCR扩增产物进行高通量测序分析该环境下微生物群落的多样性及分布特征。

技术路线

生物信息分析

案例解析

1、土壤样品中细菌的组成

采用VAMPS软件分析16S V6区的序列,展示4个不同样本的细菌组分。


2、16S rRNA测序稀释曲线分析
从样本中随机抽出序列数作为横坐标,OTU数量作为纵坐标,每条曲线代表一个样本。稀释性曲线趋向于X轴平行,说明该样本测序量基本充足。


3、不同样品菌群结构分析
对16S序列进行分类注释,并计算其相对丰度,累积柱状图揭示不同样品的菌群结构特征。


4、细菌16S rRNA基因构建系统发育树
对16S V4区序列进行聚类产生OTU,利用OTU序列构建系统发育树揭示其进化关系,并展示每组OTU聚类的16S V4序列数量信息。

测序策略及数据量

测序策略:PE150、PE250、PE300
建议数据量:大于4万条reads

技术优势

过程简单、易操作:环境样品(微生物群落)的最优解决方案,完全摆脱繁杂的菌株分离工作;

准确性高:从碱基保守水平测定,真实反映物种情况;

更为高效:与传统的研究方法相比,具有通量大、产出数据多等优点;
灵活:提供多种可满足16S/18S/ITS不同高变区域研究需求的方案。

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