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微生物基因组测序

微生物基因组测序

技术简介
随着第二代高通量测序技术的迅猛发展,全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。第二代高通量测序技术大大降低了细菌基因组研究的成本,缩短了研究周期,为越来越多的科研人员提供了便利。
微生物基因组测序根据客户需求可获得框架图、精细图和完成图。其中完成图采用第三代单分子测序(PacBio)和第二代高通量测序结果进行拼接和组装;精细图根据第二代高通量测序的结果进行拼接和组装。重测序结果可进行功能基因分析(如耐药基因分析)、进化分析、毒力分析等,为后续的功能研究提供理论基础。

技术路线

生物信息分析

案例解析

1、微生物基因组测序圈图

绿硫菌(C. tepidum)全基因组序列环形展示,说明其正负链序列的编码区域信息,揭示GC skew、基因组的平均GC含量、三核苷酸组成、tRNA基因、rRNA基因和sRNA基因种类等基本特征。


2、系统发育分析
利用31个广泛使用的保守蛋白编码基因构建细菌域的最大似然系统发育树,揭示GEBA基因组的分类特征及与其他物种的亲缘关系。

测序策略及数据量

测序策略:PE100、PE150
建议数据量:1Gb

技术优势

文库构建标准化:标准化的建库流程,使文库质量更稳定;
优化的建库流程:优化后的建库流程降低了对初始DNA样本质量要求,增加了插入片段文库的选择,使所得数据更有利于后期的数据分析;
初始样本微量化:初始DNA量可以降低到500 pg;
数据分析内容灵活:可以根据客户需求,调整分析内容;
个性化的跟踪分析:根据客户需求进行数据的后期跟踪分析,专家团队的加入使数据分析方向更明确。

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